בשיח הציבורי־אקדמי רווחת הטענה על הדתה של הצבא, כלומר התחזקות ההשפעה הדתית בארגון. אך פרופ' יגיל לוי טוען שאת הצבא פוקד תהליך של תאוקרטיזציה. תאוקרטיזציה חורגת מהשפעה תרבותית־דתית, מהדתה, לבדה. תאוקרטיזציה היא חדירה הדרגתית של סמכויות דתיות לתוך הצבא בניסיון להשפיע על תחומי התנהלות, שנורמטיבית מסורים בלעדית לסמכות הצבא ולסמכות הממונים הפוליטיים עליו.
המחולל המרכזי של התאוקרטיזציה הוא התמודדות תחרותית בין הרשתות של ישיבות ההסדר למכינות הדתיות ובינן ובין הרשתות החרדיות. רשתות ההסדר והמכינות חותרות ליישב את הסתירה בין צבא לדת כדי להצדיק את האופי הייחודי של המסלול שכל אחת מהן בחרה לעומת הבחירה של האחרת ושל הרשתות החרדיות. התחרות מיתרגמת למאמץ לעצב מחדש את התנהלות הצבא ואת תרבותו. הצבא משלים עם ההשפעה הדתית בשל הבנתו כי הוא תלוי במגויסים הדתיים, שנוכחותם בו גברה, ובשל חיפושו מקורות לגיטימיוּת חדשים להקרבה צבאית.
התאוקרטיזציה משתקפת בעיקר בשלוש זירות: פריסתו של הצבא במשימות שיטור ברצועת עזה ובגדה המערבית; שילובן של נשים ביחידות השדה; והחִברוּת הדתי, בעיקר באמצעות העצמתה של הרבנות הצבאית.