מה מקור השאיפה היהודית לראות בכיליון אומות העולם? מדוע שחטו יהודים בימי מסעי הצלב את ילדיהם ועברו בכך על האיסור החמור ביותר של "לא תרצח"? האם ההגדה של פסח היא טקסט פנימי שנוצר מתוך שיח ושיג של יהודים עם עצמם, או שמשתקף בו פולמוס סמוי עם הפסחא? מה פשר הדמיון בין האפיקומן ללחם הקודש הנוצרי?
שני גויים בבטנך מוקדש לשלושה צמדי מושגים שעמדו במוקד הפולמוס היהודי-הנוצרי: יעקב ועשיו: המשקפים את הוויכוח על העבר המקראי: פסח ופסחא, המייצגים את עולם ההווה של הפולחן והטקס: קידוש השם ועלילות הדם, החושפים ציפיות משיחיות לעתיד לבוא. הפולמוס הנוצרי נגד היהדות הסתיים לאחר השואה והקמת מדינת ישראל. ספר זה הוא תוצר של העידן הפוסט-פולמוסי, שבו אפשר לפרסם ברבים דברים שבעבר היה מקובל ללחוש בחדרי חדרים.