כשד"ר ברט לינץ', ארכיאולוגית אמריקנית ומומחית להיסטוריה של האמנות, מוכה בידי בריונים בדירה הוונציאנית שהיא חולקת עם אהובתה, זמרת אופרה איטלקייה ידועה, החשד הראשון הוא כי מדובר בתקיפה על רקע הומופובי. ידידה, בלש המשטרה הוותיק קומיסריו גווידו ברונטי, אינו משוכנע בכך. כשכעבור ימים אחדים מתגלה גופתו של מנהל מוזיאון מקומי מוטלת בשלולית דם במשרדו, מתחזקים חשדותיו של ברונטי וחקירתו צוברת תאוצה ומובילה אותו למחוזות רחוקים וזרים.
בלש המשטרה ברונטי צולל לנבכי עולם האמנות ועולמם של מאפיונרים תאבי-כבוד, מתחקה אחר קודים סמויים וגלויים בעולמם של סוחרי עתיקות וזייפנים, אקדמאים ונציגי רשויות, ולא מרפה מהמרדף אחר הפושעים האלימים גם כשבתעלות העיר עולה וגועש מפלס המים בשל שיטפונות האקווה אלטה העונתיים.
אקווה אלטה הוא הספר הראשון בעברית (החמישי בסדרה) המציג לקורא את דמותו הכריזמטית והייחודית של בלש המשטרה קומיסריו גווידו ברונטי, חוקר חריף, מנוסה וסקרן, שהוא גם ונציאני גאה, איטלקי בנשמה, בעל אוהב ואב מסור לילדיו המתבגרים.
לצדו ממלאת העיר ונציה, על תעלותיה הקסומות והמוצפות, תפקיד מרכזי בעלילת המתח המביאה את הבלש לתובנות והארות על המשמעות השונה שיש לכבוד, להערכה ולאהבה בקרב אנשים שונים, על השוני בין איטלקים לאמריקנים, על חמדנות ובצע כסף, משפחה ומסורת, ועל הכיעור המסתתר מאחורי יופיו של עולם האמנות.